Предпоследней остановкой на маршруте был Рим, в котором произошла смена экипажа, а три предыдущих остановки совершались в Карачи, Бахрейне и Бейруте. Во время этих перелетов в Карачи возник инцидент во время заправки самолета, когда выключатель клапана топливных баков в правой плоскости крыла оказался в неверном положении. В Бахрейне дозаправка прошла без отклонений, но в Бейруте оказалось, что топливный клапан остался в полуоткрытом положении, не перейдя автоматически в нейтральное положение. Так как замена клапана не представлялась возможной, то он был перепроверен и его работу признали удовлетворительной. Также в Карачи обнаружилась неисправность светового индикатора гидронасоса № 1 и автоматического контроля температуры. Световой индикатор сигнализировал о выходе гидронасоса из строя, но проверка показала, что гидронасос работал в нормальном режиме. Что до автоматического контроля температуры, то его выход из строя означал, что температуру воздуха в кабине пилотов и пассажирском салоне экипаж теперь должен был поддерживать в ручном режиме. Об этих замечаниях сдающий экипаж в Риме сказал принимающему.
В небе над Римом в это время были тонкие слоистые облака. В облаках наблюдалось незначительное обледенение.
Всего на борту авиалайнера помимо 6 членов экипажа находились также 29 пассажиров, включая 10 детей, возвращавшихся после рождественских каникул обратно в Англию.
10 января 1954 года в 09:31 "Yoke Peter" вылетел из римского аэропорта Чампино. В 09:50 экипаж доложил диспетчерскому центру в Чампино о прохождении радиомаяка Орбетелло. Далее полет проходил над Тирренским морем. Параллельно с диспетчером, экипаж "Кометы" вел радиопереговоры с другим самолетом авиакомпании BOAC — Argonaut C-4 борт G-ALHJ (позывные — George How Jig), вылетевшим из Чампино раньше. Примерно в 09:51 экипаж "Аргонавта" услышал радиосообщение, которое стало последним с "Кометы": "Джордж Хау Джиг, это Джордж Йоке Питер. Сообщите мне"… Сообщение прервалось посередине. Около 10:00 в диспетчерском центре Чампино услышали звук, который впоследствии посчитали за несмодулированный сигнал с "Кометы".
Находящиеся на острове Эльба свидетели указывали, что слышали в небе три идущих подряд взрыва, после чего увидели, как падают горящие обломки.
Около 09:51 самолет внезапно разрушился на высоте, которая была оценена примерно в 27 тысяч футов (8,2 км). Примерно в 10:00, согласно показаниям четырех свидетелей, горящие обломки авиалайнера врезались в воду. В 11:50 военное руководство порта в городе Портоферрайо на острове Эльба получило сообщение, что к югу от мыса Каламита примерно в направлении острова Монтекристо взорвался в воздухе и потерпел катастрофу самолет. Командующий портом Портоферрайро подполковник Ломбарди сразу направил к месту падения все доступные суда, а также врача и медсестру. Было обнаружено 15 тел, а также почтовые мешки, части самолета и некоторые личные вещи. Судам помогала и авиация. Поисковые работы продолжались в течение двух следующих дней, но больше тел найдено не было, хотя и удалось обнаружить еще несколько обломков.

Предварительно среди вероятных причин катастрофы были названы:
Усталость материала конструкции — такое предположение было вызвано тем, что после катастрофы под Эльбой проверка прототипа данного типа самолётов показала, что после около 6700 лётных часов на поверхности крыла у края ниши шасси появились трещины. Были также изучены одна или две части конструкции, где предположительно могли появиться усталостные трещины;
Взрывная декомпрессия из-за перепада давления — в отличие от версии о разрушении конструкции, в данной версии самолёт не разрушился в полёте, но испытал взрывную декомпрессию. Наиболее вероятной причиной в данном случае рассматривали оконные проёмы, которые могло вырвать из фюзеляжа.
После проведенных многочисленных исследований и экспериментов комиссия пришла к окончательным выводам, в которых версия о разрушении фюзеляжа из-за усталости была подтверждена. Представители всех сторон, участвующих в расследовании, также приняли версию, что "Yoke Peter" разбился из-за разрушения фюзеляжа взрывной декомпрессией, вызванной усталостью.

Лайнер вылетел из Лондона и без происшествий долетел до первой промежуточной остановки - Римского аэропорта Чампино. Следующей промежуточной остановкой на маршруте являлся Каир, куда самолет должен был вылететь в этот же вечер. Предполетный осмотр самолета проводил инженер наземной службы BOAC, который обнаружил, что на съемной панели левой плоскости крыла ослабли 30 болтов, которые крепили эту панель к набору. Причиной этого, как выяснилось, был демонтаж панели в Лондоне во время проведения регламентных работ, после чего панель установили на место. Также после окончания заправки выяснилось, что датчик центрального топливного бака не показывал, что бак полон. Как было установлено при проверке, для устранения данной неисправности требовалась замена коаксиального кабеля, который могли доставить только из Англии другим самолетом. Это привело к задержке рейса 201 на 24 часа. При замене кабеля часть болтов была откручена, но затем их заменили новыми и затянули должным образом. После выполнения ремонта инженер техобслуживания, который контролировал выполнение работ, провел визуальный осмотр и был удовлетворен результатом.
Вопрос о том, насколько хорошо самолет охранялся во время своего простоя в Чампино, впоследствии потребовал множество показаний и доказательств. Было установлено, что большую часть времени авиалайнер находился под наблюдением инспекторов BOAC. Остальное время самолет охранялся Итальянской финансовой охраной, основной целью которой было недопущение попадания на самолет контрабанды. На основании имеющихся сведений было сделано заключение, что посторонние лица на борт Comet 1 не проникали. Кроме проблемы с проводом при дозаправке, других замечаний по авиалайнеру не было.
8 апреля в 18:32 Yoke Yoke вылетел из аэропорта Чампино. На его борту помимо 7 членов экипажа также находились 14 пассажиров и небольшой груз авиазапчастей. Небо в это время покрывал толстый слой облаков, в верхнем слое наблюдалось легкое обледенение. Экипаж периодически передавал по радиосвязи в центр УВД в Чампино сведения о своем местонахождении. Последний сеанс связи с Римом состоялся в 18:57, когда экипаж доложил о прохождении траверза Неаполь и продолжении набора высоты до эшелона 35 тысяч футов (10,7 км). В 19:05 экипаж доложил в центр УВД в Каире о выходе из зоны УВД Рима и указал, что расчетное время прибытия в Каир 21:20. После этого самолет на связь больше не выходил и на вызовы не отвечал. По мнению комиссии, катастрофическая ситуация произошла с авиалайнером примерно в 19:10 на высоте 35 тысяч футов или около этого.
9 апреля к месту падения вышли авианосец Eagle и эсминец Daring Королевских ВМФ. Помощь с воздуха оказывал самолет США. В полдень с борта самолета Ambassador было сообщено об обнаружении большого масляного пятна в 120 километрах от Неаполя. Следом пришло сообщение, что в 50 километрах от Стромболи обнаружены плавающие обломки и тела погибших. Авианосец Eagle направился в данный район, где были найдены отдельные обломки самолета и 5 тел, еще одно тело выбросило на берег. Глубина в районе падения составляла от 520 до 580 морских саженей (950-1060 метров), поэтому подъем обломков в данном случае был бы безнадежной затеей.
Сразу после того, как стало известно о катастрофе, BOAC прекратила эксплуатацию "Комет", а 12 апреля у данных реактивных авиалайнеров отобрали летный сертификат.
В своем заключении комиссия указала, что в связи с отсутствием обломков она не может назвать точную причину катастрофы Yoke Yoke.